Sub egida Facultăţii îşi desfăşoară activitatea următoarele centre de cercetare: Centrul de Istorie a Evreilor şi Ebraistică, Centrul de Studii Egeo-Mediteraneene, Centrul de Cercetări privind Elitele Sociale și Ideologia Puterii, Centrul de Istorie a Relaţiilor Internaţionale, Centrul de Studii Clasice şi Creştine, Centrul de Studii asupra Comunismului şi Postcomunismului.
În Facultate mai există, de asemenea, două centre de excelenţă, de tip B şi C: Centrul Interdisciplinar de Studii Arheoistorice (CISA) şi Centrul de Istorie „Gheorghe I. Brătianu”, un Laborator Interdisciplinar de Arheologie şi o Platformă de formare şi cercetare arheologică în domeniul arheologiei – Arheoinvest.
Câteva din direcţiile de cercetare sunt următoarele:
- cercetări arheologice în aşezări preistorice din neolitic, eneolitic, epoca bronzului şi epoca fierului;
- continuarea proiectului Parcul Arheologic Cucuteni;
- cercetări arheologice în aşezări antice (greco-romane) din Dobrogea;
- editarea de ediţii critice a izvoarelor literare antice;
- publicarea unei monografii despre sclavii şi liberţii imperiali din Illyricum;
- valorificarea unor cercetări arheologice privind perioada târzie a migraţiilor şi Evul Mediu;
- publicarea unor volume de documente referitoare la relaţiile Ţărilor Române cu Muntele Athos;
- crestomaţie de izvoare ale istoriei medievale europene;
- istorie socială: Moldova, sec. XIV-XVIII. Familie şi putere;
- istoria vieţii cotidiene în Evul Mediu românesc;
- imaginarul corpului politic în cultura europeană medievală şi modernă;
- oraşul din spaţiul românesc şi tranziţia de la medievalitate la modernitate
- România modernă: construcţie politico-instituţională şi interferenţe;
- originile mişcării naţionale româneşti în Principatele Române;
- propaganda în regimurile totalitare;
- chestiuni sociale şi privitoare la minorităţi în România interbelică;
- istoria integrării europene.