Principalele domenii de cercetare: istoria universală (domeniu prin care este continuată o tradiţie care datează încă de la fondarea Facultăţii), arheologia preistorică şi antică (domeniu în care s-a format o adevărată şcoală, cu recunoaştere naţională şi internaţională), editarea izvoarelor Evului Mediu românesc, genealogia istorică, heraldica, fenomene şi evenimente importante ale istoriei moderne şi contemporane. În acelaşi timp, în ultimii ani, s-au conturat direcţii noi, consensuale cu cele mai recente evoluţii istoriografice: istoria socială şi a mentalului colectiv, istoria culturii şi a ideilor etc. Facultatea are o revistă proprie, “Analele Universităţii “Alexandru Ioan Cuza” din Iaşi. Seria “Istorie”, care găzduieşte contribuţiile ştiinţifice ale profesorilor şi studenţilor. Mai multe proiecte de cercetare s-au desfăşurat în ultimii ani cu finanţare din partea Băncii Mondiale şi a Ministerului Educaţiei şi Cercetării.
Activitatea desfăşurată în cadrul Facultăţii urmăreşte formarea de profesori şi specialişti pentru învăţământul preuniversitar şi universitar, cercetare ştiinţifică, muzee, arhive, relaţii internaţionale etc. Facultatea asigură, de asemenea, prin programele sale, formarea continuă şi însuşirea celor mai recente informaţii de specialitatea de pe plan naţional şi internaţional. Prin ceea ce se întreprinde în plan didactic şi al cercetării ştiinţifice se urmăreşte asigurarea excelenţei în cadrul acestora şi oferirea de programe care să satisfacă o paletă cât mai largă de cerinţe educaţionale. Un alt obiectiv urmărit constant este extinderea şi dezvoltarea legăturilor didactice şi ştiinţifice cu cât mai multe instituţii de învăţământ superior din Europa.